Lâu nay có giai thoại cho rằng, vua Minh Mạng có ý bao che Hoàng Công Lý (vì là cha vợ), và Lê Văn Duyệt đã phải dùng "Thượng phương kiếm" với quyền "tiền trảm hậu tấu" để chém chết Huỳnh Công Lý vì sợ nhà vua bao che, để rồi nhân vụ án Lê Văn Khôi (con nuôi ông Duyệt), mà nhà vua đã ra lệnh kết tội thật nặng Lê Văn Duyệt [11].

Trong tài liệu "Souvenirs historiques sur Saigon et ses environs" (Ký ức lịch sử về Sài Gòn và vùng phụ cận) của Trương Vĩnh Ký, xuất bản năm 1885 có kể lại rằng trong thời gian Lê Văn Duyệt ra Huế, Huỳnh Công Lý đã có liên hệ bất chính với những bà vợ của Lê Văn Duyệt ở Gia Định...nên Lê Văn Duyệt đã chém đầu Huỳnh Công Lý, không những về tội tham nhũng, lộng quyền mà còn có chuyện liên hệ với vợ Lê Văn Duyệt nữa...[12]

Tuy nhiên, trong một bài viết, giáo sư Nguyễn Lý Tưởng đã bác bỏ chuyện Lê Văn Duyệt dùng "quyền tiền trảm hậu tấu". Ông viết:

Đọc lại các tài liệu chính sử của triều đình, chúng tôi không thấy nói đến chuyện này...mà chỉ thấy Lê Văn Duyệt là người thi hành pháp luật rất nghiêm minh, và làm đúng thủ tục tố tụng...Những chuyện "bên lề" về vụ án Huỳnh Công Lý, cố ý làm cho dư luận hiểu sai lạc về Tả quân Lê Văn Duyệt...đều không có bằng chứng xác đáng và không đúng sự thật [13].

Và đoạn dụ sau đây cũng cho thấy vua Minh Mạng không hề bao che hay nương nhẹ đối với cha vợ mình:

Dụ: Trước đây, Hoàng Công Lý là Thị trung tả thống chế, đã không làm rõ được ý trẫm là yêu thương binh lính. Trái lại còn lợi dụng làm giàu cho mình, làm hại người khác, sai riêng cấm binh mở ba cửa hàng gạch ngói mưu lợi riêng. Tất cả gỗ đá, gạch ngói đều cho chở về xây dựng nhưng chưa bị phát giác. Đến khi y trở lại nhận chức Phó Tổng Trấn Gia Định, lòng tham lại càng quá đáng. Nay bị binh lính, dân chúng, thợ thuyền Gia Định tố giác. Quan Tổng trấn ở đó đã tra xét rõ ràng và tấu trình. Trẫm nghĩ phạm nhân cũng là viên quan lớn ngoài biên nên giáng chỉ cho đình thần họp bàn định tội và phúc tấu. Nay đã trình lên và đều nói tội ác của Hoàng Công Lý chồng chất quá nhiều, xin chém theo luật cho mọi người biết và để răn đe sau này...Từ nay về sau bất kể quân lính trong ngoài, gặp phải các viên biền tham lam ngược đãi như vậy mà vướng chỗ quyền thế không nói ra được thì cho phép tâu trình, trẫm sẽ tìm ra căn nguyên để trị tội kẻ tham nhũng. Hãy kính theo Dụ này...Ngày 14 tháng 5 năm Minh Mệnh thứ 2 (1821)[14].